Nel 1987 vengono costruiti 10.000 esemplari di FZR 1000 andati velocemente esauriti, ai quali se ne aggiungono altri 8.500 venduti l’anno seguente. Il successo commerciale del modello sarebbe potuto essere ancora maggiore se la maxi di Iwata fosse costata meno della rivale GSX 1100 R, se le sue prestazioni non fossero state leggermente inferiori a quanto dichiarato e se la ciclistica non avesse mostrato dei limiti alle elevate velocità. Ecco perché la Yamaha corre subito ai ripari presentando ancora una volta al Salone di Colonia - e dopo appena due anni dalla FZR 1000 - un nuovo modello: la FZR 1000 Ex-Up. La nuova arrivata non è un semplice restyling della precedente versione come potrebbe sembrare ad un primo esame sommario, ma una moto completamente nuova. Rivista profondamente nel motore e nella ciclistica al punto che della vecchia FZR è sopravvissuto solo il 5% della componentistica. La modifica più evidente riguarda il telaio Deltabox di nuova generazione ispirato a quello che ha debuttato sulla YZF 750 ufficiale vincitrice per due anni di seguito alla prestigiosa Otto Ore di Suzuka: nel 1987 con Martin Wimmer e Kevin Magee e l’anno seguente ancora con quest’ultimo in coppia però con Wayne Rainey.
Il nuovo Deltabox è più rigido e compatto. Ha i due travi superiori diagonali e perimetrali in alluminio - estrusi, scatolati ed opportunamente sagomati - con una sezione maggiore, ed è privo delle due culle inferiori imbullonate che prima reggevano il motore. Questo è ora appeso a due bretelle laterali discendenti grazie a nuovi attacchi ricavati dietro ai cilindri ed imbullonato posteriormente alle piastre laterali del telaio (ottenute per fusione, così come la parte del cannotto di sterzo), dove è poi infulcrato il forcellone. Nonostante l’aumento dell’inclinazione del cannotto di sterzo - che passa da 25,5° a 26,75° con conseguente aumento dell’avancorsa di una decina di mm - rispetto alla precedente FZR 1000 l’interasse si riduce di un centimetro.
La novità che rende più esclusiva la nuova FZR 1000 rispetto alla concorrenza è la già citata valvola Ex-Up allo scarico, azionata da un servomotore comandato dalla centralina di accensione e collocata fra la fine dei collettori di scarico ed il silenziatore. Questo dispositivo, adottato per la prima volta nel 1988 sulla FZR 400 destinata però al solo mercato giapponese, consente di sfruttare meglio le onde di pressione, positive e negative, all’interno dei collettori di scarico al variare del numero di giri del motore. Di solito un normale impianto di scarico è progettato per rendere al meglio nel regime di potenza massima, quindi non presenta una conformazione ottimale per i bassi e medi regimi. La valvola Ex-Up consente invece di variare la sezione di passaggio dei gas adattando le caratteristiche dello scarico ai diversi regimi di rotazione, migliorando così l’erogazione della coppia e l’elasticità. Secondo i tecnici della Yamaha la valvola permette di incrementare la coppia del 30-40% ai regimi intermedi, ma quando le riviste specializzate confrontano la curva dell’erogazione del nuovo motore con quella del vecchio quattro cilindri FZR tale valore non viene confermato, arrivando al massimo ad un 10% in più, sufficiente però a dare al motore maggiore ripresa e una migliore elasticità.
La presenza della Ex-Up, rimarcata da un vistoso adesivo sulle fiancate della moto e da un’incisione sul silenziatore di scarico, fa passare in secondo piano gli altri importanti interventi strutturali che hanno interessato il venti valvole Yamaha. Che ora è più basso e più corto, ha la bancata dei cilindri meno inclinata (si passa dai 45° della FZR 1000 del 1986 ai 35° della Ex-Up), è cresciuto di cilindrata fino ad arrivare a 1.002 cc ed è stato completamente rivisto nei suoi organi interni, soprattutto a livello di distribuzione ed imbiellaggio. La rivisitazione del quattro cilindri porta ad una decisa iniezione di CV e coppia assieme ad un aumento di 500 giri del regime di rotazione. La potenza dichiarata per la FZR 1000 Ex-Up è la più alta della categoria: 145 CV a 10.000 giri, dieci CV in più rispetto alla precedente versione, così come è aumentata la coppia (da 10,4 kgm a 8.500 giri si passa a 10,9 kgm al medesimo regime di rotazione) ed il peso della moto (da 204 a 209 kg).